«Локомотив» объявил об уходе Джефферсона Фарфана в связи с истечением срока соглашения. Перуанец присоединился к железнодорожникам зимой 2017 года, выиграл чемпионат страны, дважды Кубок России и один раз Суперкубок.
Всего в составе «Локомотива» Фарфан провел 69 матчей, забил 25 голов и сделал 12 голевых передач. Большую часть сезона-2019/20 35-летний форвард пропустил из-за травмы и вернулся на поле только в июле, забив гол в первой же игре после возвращения (1:1 с «Уфой»).